國航旗下有5家航空公司，分別是國航，澳門航，深航，山航，大連航

國航有北京總部、西南分公司(成都)、浙江分公司(杭州)、重慶分公司、內蒙古分公司(呼和浩特)、天津分公司、上海分公司、湖北分公司(武漢)、貴州分公司、西藏分公司、工程技術分公司、華南基地、公務機分公司（北京航空）、北京航空食品公司，還擁有中國國際貨運航空有限公司，控股北京飛機維修工程有限公司(AMECO)、澳門航空、深圳航空、山東航空、大連航空、參股國泰航空。

國航主要控股子公司有中國國際貨運航空有限公司、澳門航空股份有限公司、深圳航空有限責任公司、大連航空有限責任公司、北京航空有限責任公司等，合營公司主要有北京飛機維修工程有限公司（Ameco）。

另外，國航還參股國泰航空、山東航空等公司，是山東航空集團有限公司的最大股東。曾為國航控股、現中航有限旗下的北京航空食品有限公司于1980年5月1日在北京成立，是中國《中外合資經營企業(yè)法》頒布后的第一家中外合資企業(yè)。

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