浙江中醫(yī)藥博物館于2009年10月30日開(kāi)館，坐落在浙江中醫(yī)藥大學(xué)23號(hào)樓四、五樓西側(cè)，博物館包括浙江中醫(yī)藥大學(xué)校史陳列館、浙江醫(yī)史館和中藥標(biāo)本館，現(xiàn)已整體搬遷至新館。

浙江中醫(yī)藥博物館（新館）于2019年10月14日落成，位于浙江中醫(yī)藥大學(xué)西南側(cè)。

浙江中醫(yī)藥博物館（新館）建設(shè)項(xiàng)目于2018年4月啟動(dòng)，2018年12月獲得省發(fā)改委正式批復(fù)，2019年1月15日正式開(kāi)工建設(shè)。新館占地面積共計(jì)近5000平方米，布展面積3200平方米，展覽區(qū)域分三層。

一層是學(xué)校校史館，二層為醫(yī)史館，三層為中藥館。

整個(gè)博物館收羅了與中醫(yī)藥有關(guān)的無(wú)數(shù)件珍寶，有些是校友捐贈(zèng)，有些是外省博物館贈(zèng)送，也有些是學(xué)校師生一起上山下河采集回來(lái)的標(biāo)本，集成現(xiàn)在的規(guī)模。

博物館最有特色的是中藥標(biāo)本館，其中有李大鵬院士捐出的一塊有胡柚大小的雌雄同體的黃晶體。這是非常罕見(jiàn)的一塊石頭，一般--和--兩種藥材都是分開(kāi)的，這一塊雌雄同體，估計(jì)價(jià)值不菲。動(dòng)物標(biāo)本展區(qū)內(nèi)，有一種鼯鼠，它的糞便是著名的中藥材五靈脂。

博物館共收藏名貴藥材1800種，其中罕見(jiàn)的藥材60余種。除了藥材，博物館還收藏了民間古老的中藥方，展示了中藥的制作過(guò)程以及浙江中醫(yī)藥的發(fā)展史。

浙江中醫(yī)藥博物館對(duì)社會(huì)免費(fèi)開(kāi)放，是中醫(yī)藥教育基地。